És evident que els senyals propis, tradicionals i històrics del poble de Sant Miquel de Fluvià són els atributs del seu patró l’arcàngel Sant Miquel: la balança i l’espasa flamejada. Se n’ha afegit un altre que completa el nom del municipi: una faixa ondada, que representa el riu Fluvià. Segons informe emés per Armand de Fluvià i Escorsa, conseller heràldic assessor d’Heràldica i Genealogia de Catalunya, l’escut de Sant Miquel de Fluvià és:
“Escut caironat: d’atzur, una balança d’or acompanyada a la punta d’una espasa flamejada d’or ressaltant sobre una faixa ondada de sinople ribetejada d’argent. Per timbre una corona de poble”.